职务侵占罪的立案程序主要分为三个阶段，受案、审查和立案。人民决定对案件立案侦查的，应当制作立案决定书。决定不予立案的，如果是被害人控告的，应当制作不立案通知书，写明案由和案件来源、决定不立案的原因和法律依据，由侦查部门在十五日内送达控告人，同时告知本院控告、申诉检察部门。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百一十二条
人民、人民或者机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。