处罚专利侵权纠纷，可以让侵权人作出停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等民事处罚；也可以作出责令停止侵权行为、没收销毁侵权工具材料、罚款等行政处罚；构成犯罪的，依法作出判决有期徒刑、罚金等刑事处罚。
【法律依据】
《专利法》第六十条五
经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民强制执行。
第六十
假冒专利的，除依法承担民事责任外，由负责专利执法的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以处违法所得五倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得在五万元以下的，可以处二十五万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。