法律分析：不合法。劳动法上的用人单位不是行政执法机关，无权对职工的违法行为进行罚款。所以，在实际中遇到公司对违反规章的员工进行罚款处罚的是违反法律规定的。罚款只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第九条【劳动监察】用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。